После катастрофических событий Третьей мировой войны, мир столкнулся с последствиями, оставшимися в памяти людей как страшные воспоминания. Токио, когда-то величественная столица Японии, теперь возрождается в виде нового города — Нью-Токио. На первый взгляд, жизнь в этом городе кажется упорядоченной и под контролем, однако под поверхностью скрываются репрессии и жестокость, позволяющие правительству удерживать власть в своих руках. Фактически, страна превратилась в тоталитарное государство, где любое проявление недовольства подавляется с неслыханной жестокостью. В исследовательских лабораториях продолжаются таинственные эксперименты с парапсихологическими способностями, направленные на создание нового, непобедимого орудия войны.
Тем временем, в сложившейся ситуации нарастает напряжение между военным командованием, возглавляемым полковником Сикисимой, и правительством, которые стремятся установить контроль над паранормальными исследованиями. Ситуация осложняется появлением религиозного культа, который верит в приход Акиры — сверхчеловека, способного изменить судьбу целой нации. В ожидании его появления, население испытывает смешанные чувства надежды и страха, так как все понимают: именно этот культ способен либо спасти, либо окончательно разрушить уже и так хрупкий порядок.